כמה מהעקרונות שעליהם מבוססת ההומיאופתיה כבר מופיעים אצל רופאים קדמונים.
היפוקרטס: כאשר אני מנסה לרפא מחלה אני מנסה לטפל בגורם המחלה.
דומה בדומה ירפא - SIMILIA SIMILIBUS CURENTUR (לטינית). רעיון זה מופיע גם בכתביו של פאראצלסוס  רופא מהמאה ה- 15 . אבל את התואר מייסד ההומיאופתיה  מגיע לד"ר סמואל הנימן רופא בגרמניה לפני כ- 200 שנה. הנימן עסק הרבה בתרגום ספרי רפואה. כאשר תרגם את המטריה מדיקה מאת הרופא הסקוטי ד"ר ויליאם קאלן, עורר את תשומת ליבו קטע בספר זה, בו  נאמר כי הכינין מרפא את הקדחת בגלל מרירותו. הסבר זה לא נשמע הגיוני, לפיכך החליט לבדוק נושא זה על עצמו. לאחר שלושה שבועות של נטילת התרופה, הוא קיבל תופעות של מחלת הקדחת אשר נפסקו עם הפסקת התרופה. תופעה זאת יחד עם רעיונות אחרים שספג מהספר כגון: "חומרים הגורמים חום ירפאו חום" . הביאו אותו למסקנה כי הכינין מרפא את הקדחת היות שהוא גורם בגוף לאותם הסימפטומים כמו של הקדחת. מכאן באה שמה של רפואה זאת - הומיאופתיה, המורכבת משתי המילים היווניות: HOMOIS  - דומה,PATHOS  - סבל, כאב. כלומר העיקרון הבסיסי האומר : דומה בדומה ירפא. הנימן בדק מספר רב של תרופות על אנשים בריאים, במטרה למצוא עוד תרופות או חומרים הגורמים לסימפטומים אצל אנשים בריאים, העשויים לרפא את אותם הסימפטומים אצל אדם חולה. כך הוא בנה את המטריה מדיקה - MATERIA MEDICA - ספר המכיל התרופות ההומיאופתיות השונות. לכל תרופה רשומים  הסימפטומים שלה.

 

כל חומר שבצורתו הגולמית יכול לגרום לסימפטומים מסוימים אצל אדם בריא, ירפא את אותם הסימפטומים אצל אדם חולה, כאשר יינתן בצורתו ההומיאופתית.