בהומאופטיה הקלאסית, משתמשים בתרופות מהמקורות הבאים:

  • צמחים - 80%.
  • מינרלים - 15%. דוגמה: מלח שולחן - NATRIUM  MURIATICUM.
    מתכות מינרלים מוצקים בלתי נמסים, - כתישה של 1 גרם  + 99 גרם  גלוקוזה  1 CH, ממשיכים  בכתישה בצורה זאת עד 4 CH, מעל  4 CH, זה מסיס במים, אפשר להמשיך בדילול רגיל.
  • בעלי חיים. דוגמות: אפיס, חלב כלבה, נוזל הצבע של דיונון, ארס נחש דרום אמריקאי - לכזיס.
  • נוזודות -  NOSODES.

בהומיאופתיה המודרנית (ראה הרחבה בהמשך) נוספו עוד קבוצות

  • איזותרפיה - ISOTHERAPY.
  • אורגנוטרפי – ORGANOTHRAPY
  • תרופות אלופתיות - ALLOPATIC MEDICATION
  • קטליזטורים (אנזימים) של מעגל קרבס (מעגל יצור האנרגיה) -INTERMEDIARY  CATALYSTS -
  • קו-אנזימים - משפחת הקינונים - QUINONS.
  • חומרים ביולוגים - הורמונים, אינטרלוקינים, ציטוקינים.(שיטת גונה)
  • האנזימים של מעגל קרבס (מעגל יצור האנרגיה) INTERMEDIARY  CATALYSTS -- משתתפים בתהליך הנשימה התוך תאית, ובתהליכים אנזימתיים נוספים שקיימים בתוך התא. שומנים פחמימות וחומצות אמיניות, נשרפים ומגיעים למצב של דו-תחמוצת הפחמן ומים. מצאו כי במחלות כרוניות, יעילות האנזימים  האלה ירודה. ע"י בידוד האנזימים האלה והכנה הומיאופתית אנו מקבלים תרופות המשמשות בטיפולים כגון: מיגרנות, אסטמה, נאורלגיה - כאבי עצב. שחמת כבד, אנמיה, מצבים של אחרי טיפול בקרינה.
  • קו-אנזימים ממשפחת הקינונים – QUINONS. הם צבענים חזקים, תופסי חמצן בצורה חזקה, חומר מסיס בשומן. מופיעים בצורתם הטבעית וגם צבעים סנטתיים שעלולים לחדור לגוף לתפוס את מקומם של הקינונים הטבעיים. השרשרת הפעילה נקטעת בתוך המיטוכונדריות. הקינונים מסיסים בשומן ,חודרים בקלות לתא העטוף בשכבה שומנית. מי שעבר הרעלה של קינונים, אפשר לטפל בו עם קינונים בדילול הומיאופתי לביטול הנזקים. אוביקינון 10 - Q, יעיל לריפוי כולסטרול. לשומנים בלתי תקינים בדם, החזרת המפתח לפעילות הנשימתית של התא.
  • אינטרלוקינים, ציטוקינים והורמונים, אלה נוספו בשנים האחרונות על ידי רפואת הויסות הפיזיולוגי – שיטת גונה (ראה הרחבה)